在世界上许多地方，种植者使用杀虫剂控制咖啡害虫生长，往往高海拔地区潮湿、多雾咖啡更易受菌类侵害，故种植者常用杀虫剂处理。 许多人认为咖啡生长期间只要未使用合成杀虫剂、除草剂和化学肥料就可以称为有机咖啡，实际上，只有在第三方（除咖啡制造者和采购商外）认证完毕的情况下才能称为有机咖啡。
Organic Coffee 有机咖啡，及授权有机咖啡Certified Organic Coffee 是被第三方机构授权，是咖啡树生长过程中，无化学原料不用农药、杀虫剂、除草剂及人工食物添加剂种植的；从土壤水质检测、种植、培育、采收、生产都必须符合有机的条件、过程严格控管，是与大自然和谐共存下生产出来的高品质咖啡，对健康及环保都有很大的益处。
世界上只有很少部分的咖啡是真正意义上的有机认证咖啡，因为这个认证过程耗时相当长，大约三年时间。并且此种交易会造成咖啡产量下降多大50%。所以说，当咖啡种植者决定进行有机认证的话，也就意味着一场耗时、耗财的投资开始了。
有机咖啡特点:
有机咖啡在栽培时并不使用任何的除虫剂，以及其他化学药剂来治疗病虫害或栽培问题， 而是使用天然的方法， 像是使用天然堆肥、筑篱、 修剪等方法来维护咖啡树之成长； 在控制虫害方面使用纯天然的生物控制方法、像是种植防护树，以及利用其他各种自然的农作技术来确保咖啡树的健康。 因为 土地、水源以及自然生态环境的永续性是有机咖啡业者所积极关注的。 有机高品质咖啡是天、地、人——天气、土壤、爱心的精华杰作，一棵咖啡树需要生长五年才能开花结果，一磅咖啡大约需要4000颗咖啡豆，完全以人工采收，而每一颗咖啡树每年所收获的咖啡果只够生产一磅烘焙好的咖啡豆，物以稀为贵。
选择有机咖啡豆的理由:
1.保护下一代:减少曝露在农药及除草剂等可致癌化学物质下之机会。
2.预防土壤衰竭:据土壤保护协会估计，自化学药物开始使用并将可滋养土壤的植物摧毁后，土壤的流失是回复的七倍。
3.节约能源:现代式耕种适用较多石油制人造肥料种植及采收作物。
4.向化学药物说『不』:EPA 已证实有60﹪的除草剂、90﹪的杀真菌剂及30﹪杀虫剂都为致癌物。这些物质都可致癌并造成婴儿畸形。
5.保护农人:保护农人的健康也是社会的责任之一。我们必须降低农人曝露在化学物质环境下的可能。在第三世界里，使用农药的安全较不被重视，逐渐形成一严重问题。
6.维护水质:采有机式耕作的农场将可为下一代保有优质水源。爱我们的土地,爱我们的地球!如果你钟爱喝咖啡，就喝有机咖啡吧。
